Ông lấy hiệu là Bonifacius IX. Ông cố tìm một sự thông cảm đối với phản Giáo hoàng Clement VII đã qua đời.

Lúc này ở Avignon, Clementê VII mất ngày 16.9.1394, các hồng y đã bầu hồng y Pedro de Luna, người Tây Ban Nha, làm Giáo hoàng, tức là Benedicto XIII (1394-1423). Ông là một nhân vật đạo đức, thông minh, tính tình đanh thép.

Các Giáo hoàng ra vạ tuyệt thông lẫn nhau và gây cho mình. Giáo hoàng không ổn định được vấn đề ly giáo, khi Giáo hoàng giả thứ 2 là Benedicto XIII ở Avignon từ chối mọi hình thức hoà giải.

Giữa hoàn cảnh đó, các nhà thần học và giáo luật ở Đại học Paris đã cố gắng tìm một giải pháp trung dung để chấm dứt cuộc ly khai. Ho đưa ra ba giải pháp: 1) giải pháp "thoái vị" (Via cessionis): cả hai cùng từ chức; 2) giải pháp "hòa đàm" (Via compromissi): một trọng tài đứng ra hòa giải; 3) giải pháp "thượng hội đồng" (Via Synodi Generalis): một đại công đồng được triệu tập để giải quyết vấn đề.

Giải pháp thứ nhất được xem là đem lại sự hiệp nhất nhanh nhất. Nghĩa là cả hai Giáo hoàng cùng từ chức, rồi hai Hồng y đoàn hội lại thành một hội đồng bầu cử Giáo hoàng mới. Hai bên đều đã hứa, nhưng không đi đến thực hiện, vì đức Benedict XIII không bao giờ tỏ ra thành thực từ chức; kể cả khi hai nước Pháp và Tây Ban Nha thôi ủng hộ.